火影忍者手游的核心玩法围绕着众多忍者角色展开，这些忍者不仅是玩家战斗力的直接体现，也决定了游戏的战斗风格与策略深度。游戏中的忍者按照品质从高到低主要分为S、A、B、C四种等级，品质越高的忍者通常拥有更强的技能效果和更高的操作上限，能够为玩家提供更丰富的战斗体验和更高的属性加成。忍者总加成由属性加成和收集加成两部分构成，前者取玩家所拥有忍者中加成百分比最高者计算，后者则只要招募或升星忍者即可永久生效，鼓励玩家广泛收集。
忍者根据技能机制和团队作用，主要分为输出、辅助和控制等类型，每种定位在战斗中扮演着不同的角色。输出型忍者致力于在短时间内对敌人造成大量伤害，通常具备高爆发的技能特性；辅助型忍者则专注于为团队提供治疗、增益等支持效果；控制型忍者擅长限制敌人的行动，为队友创造安全的输出环境。忍者的技能设计还衍生出多种战术特性，例如部分忍者技能带有位移或突进效果，增强了机动性；有些技能具备抓取能力，可以破除对手的霸体状态；而拥有霸体技能的忍者则能免疫大多数攻击造成的僵直。特殊机制如飞行状态、无敌帧、格挡反击以及能够攻击倒地目标的扫地能力，进一步丰富了战斗的层次和博弈空间。
获取强力忍者的途径多样，玩家需合理规划资源，以确保高效构建自己的忍者阵容。最核心的获取方式是通过游戏内的高招招募，新的S级和A级忍者会定期更新，在它们首次登场时参与首付活动投入指定额度的金币，可以兑换大量碎片和额外奖励，这是性价比极高的获取方式。玩家平时应通过完成每日任务、参与决斗场提升段位、领取活跃度宝箱等渠道稳定积累金币，为高招活动做好准备。积极参与游戏内的各类限时活动、完成主线任务和月度签到也能稳定获得一些忍者或碎片。加入一个活跃的组织至关重要，通过每日的祈愿功能可以与组织成员相互请求和捐赠所需的忍者碎片，这是补齐忍者碎片、培养非高招忍者的重要社交途径。对于愿意进行小额投入的玩家，开通VIP1解锁特权商店后，可以每天以较低成本购买特定B级忍者的碎片。
获得忍者后，系统的培养和合理的阵容搭配至关重要。培养的核心在于资源的精准投放，包括使用经验查克拉和金币对忍者进行升级与突破，以及收集专属碎片来提升忍者的星级品质。技能强化是提升战力的另一关键，玩家需要根据忍者的定位和技能特点分配技能点，例如优先强化输出型忍者的核心攻击技能，或强化辅助型忍者的治疗与增益技能。在组建实战阵容时，不能仅仅堆砌高强度忍者，而需要考虑忍者之间的技能协同与属性互补。一个理想的阵容应兼顾伤害输出、战场控制与生存续航，通过忍者技能间的配合形成有效的连击链或控制链，从而在战斗中掌握主动权，这比单纯追求单个忍者的强度更为重要。
