火影忍者手游作为一款高度还原原著的正版格斗手游，提供了丰富多样的游戏模式供玩家自由选择。这些模式涵盖了单人挑战、多人合作、竞技对战等多种玩法，能够满足不同玩家的需求。从基础的剧情副本到高难度的秘境挑战，从休闲娱乐的羁绊对决到紧张刺激的决斗场排位赛，玩家可以根据自己的喜好和时间安排灵活切换模式。游戏内的模式设计兼顾了新手引导与深度玩法，确保各类玩家都能找到适合自己的体验方式。
在单人模式方面，玩家可以通过冒险副本体验原著剧情，同时获取经验、铜币及装备强化道具。修行之路和丰饶之间则提供了针对性的资源获取途径，前者侧重关卡挑战与战力提升，后者包含历练副本与赏金副本等日常玩法。超凡模式作为特殊玩法，通过开启宝箱获取刻印来增强角色属性，建议优先完成升级宝箱挑战以提高高品质刻印的掉落概率。这类模式通常没有参与限制，玩家可随时进入并反复挑战以优化战斗策略。
多人互动模式是游戏社交性的核心体现。羁绊对决作为经典的双人玩法，需通过决斗场入口创建队伍并邀请好友组队匹配，系统会根据队伍实力自动分配对手。组织玩法如小队激斗支持2v2实时协作，而跨服匹配机制确保了快速组队的流畅性。秘境探索则需要玩家配合应对阶段式BOSS机制，例如盗墓模式中需观察石像移动规律并集中输出真身。这些模式多数设有每日参与次数上限，但未强制要求固定时间参与，保留了较高的自由度。
竞技向模式以决斗场为核心，包含匹配赛、段位赛和无差别忍者大赛等细分玩法。其中无差别模式统一了忍者属性，侧重玩家操作技巧而非战力数值。忍者联赛等赛事玩法定期开放，为高端玩家提供展示平台。需注意部分限时活动如武斗赛会周期性开启，但常规竞技模式全天候开放，玩家可通过练习场熟悉忍者连招后再参与实战。游戏通过段位保护机制降低挫败感，鼓励玩家持续精进战斗策略。
游戏持续更新特色限时玩法，例如六道仙人模式考验阵容搭配与忍者特性理解，而药师兜仙人模式等角色专属玩法则深度还原原作设定。忍具藏馆等养成系统关联的玩法需达到特定等级解锁，但解锁后即可自由参与。火影忍者手游通过分层设计兼顾了休闲与硬核玩家的需求，绝大多数模式无需强制解锁或付费即可体验，且支持随时切换以保持游戏新鲜感。
